В связи с тем, что в Казани и окрестностях в 1654–1655 гг. от эпидемии сибирской язвы умерло 41698 человек, власти решили принести в город чудотворный образ Смоленской иконы Божией Матери, который находился в то время в Седмиозерной Богородичной пустыни. В трех километрах от города икона была встречена митрополитом Казанским и Свияжским Корнилием I, при большом стечении народа.Во время пребывания чудотворного образа в Казани смертельная болезнь отступила. Тогда было решено ежегодно приносить эту икону в Казань, а на том месте, где была встречена святыня, водрузили святой крест, в знак того, что встречи и проводы этой иконы должны проходить именно здесь. Это событие можно считать первым моментом зарождения будущего монастыря. Монастырский комплекс был закончен и освящен в 1701 г. После прихода Советской власти жизнь монастыря изменилась. В 1918 г. обитель была закрыта, монахи изгнаны. Монастырь подвергся разорению. В 1930 г. были разрушены основные постройки монастыря, а оставшиеся помещения переданы в ведение Красной армии. Позднее в них расположился военный комиссариат района, складские помещения, гаражи. В 2006 г. сохранившиеся строения были освобождены и возвращены обители. В декабре 2007 г. состоялось открытие и освящение храма в честь девяти мучеников Кизических.